DICTADURA DEL PERU

Ya antes de la batalla de Ayacucho, Bolívar había vuelto a nombrar un gabinete ministerial[15] . Para ello mantuvo a José Faustino Sánchez Carrión como ministro pero esta vez encargado de la Cancillería, Hipólito Unanue a cargo del Ministerio de Hacienda y al militar grancolombiano Tomás Heres como Ministro de Guerra. Su gobierno en el Perú se caracterizó por una gran represión contra el pueblo y sus opositores a la par que ejerció una gran injerencia tanto dentro del recien formado Poder Judicial y en la elección del Congreso. no obstante ello, el gobierno de Bolívar se caracterizó por la creación de instituciones básicas dentro de lo que sería la organización del naciente estado peruano.
El 10 de febrero de 1825, un año despues de que el Congreso entrara en receso, Bolívar lo convoca de nuevo. Este Congreso sesionó por un mes antes de disolverse y dar por concluidas sus funciones el 10 de marzo[16] . Durante este periodo, el Congreso autorizó la salida de 6000 soldados peruanos a la Gran Colombia, acordó la entrega de premios a los militares vencedores y emitió una resolución desentendiéndose del futuro que escoja el Alto Perú.
El 20 de mayo de 1825, desde la ciudad de Arequipa, Bolívar convoca a elecciones para un Congreso General que debería reunirse el 10 de febrero del año siguiente[17] . Sin embargo, ese día no se pudo inaugurar el nuevo congreso ya que el Libertador no estaba conforme con la incorporación de algunos diputados como Francisco Xavier de Luna Pizarro quien fue electo por el departamento de Arequipa. Recién en el mes de abril se logra reunir el congreso pero sus sesiones preliminares fracasan ya que el gobierno declaró no válidos los poderes de los diputados de Arequipa, Lima, Cusco y otras provincias[18] .
El 26 de mayo de 1826, el gobierno retira a los municipios el derecho de elegir a sus autoridades[19] y poco despues decreta que los prefectos convoquen a los colegios electorales de las provincias para que, cada una, apruebe directamente la Constitución Vitalicia elaborada por Simón Bolívar que lo nombraba como Presidente Vitalicio.
El 4 de setiembre de 1826, Bolívar se embarca en el bergantín "Congreso" con dirección a Colombia dejando en el Perú un "Consejo de Gobierno" cuya misión era logra la vigencia de la Constitución Vitalicia[20] . Bolívar no regresaría más al Perú. El Consejo de Gobierno no logró que la Corte Suprema del Perú apruebe la Constitución Vitalicia y el nombramiento de Bolivar como Presidente Vitalicicio por lo que recurrió al Cabildo de Lima que, presionado, dió validez a las actas de los colegios electorales y da luz verde a la promulgación de la Constitución[21] . Esta constitución sólo tuvo vigencia hasta el 26 de enero del año siguiente cuando cae el Consejo de Gobierno y se convocan nuevas elecciones.
Durante su gobierno, Bolívar dió cumplimiento al acuerdo de "reposiciones" del ejército grancolombiano, en virtud de los cuales se debía reponer a éste las bajas que sufriera durante las batallas libradas en el Perú, no sólo por muertes en campo de batalla sino también por deserciones y enfermedad. Para ello, el Libertador ordenó el reclutamiento forzoso de indígenas y peruanos para la formación de tropas y su posterior envío a Panamá y a Venezuela, ello se dió mientras se mantenían en el Perú las tropas grancolombianas y existiá un rumor respecto a una supuesta invasión francesa a ese país.
Ello se refleja en una carta enviada al general grancolombiano Salom dándole instrucciones para el envio de un batallón formado sólo por peruanos. La carta fechada el 29 de julio de 1825 desde el pueblo cusqueño de Tinta señalaba:
(...) por mis anteriores cartas debe Ud. estar entendido que para el mes de diciembre de este año debe Ud. envair a Panamá una expedición compuesta por el batallón Araure y un escuadrón de nueva creación (...) en Ica debe haber una compañía de infantería (...) En esta ciudad debe haber dos compañías de caballería del Perú de a cien hombres más o menos, que servirán también para el escuadrón que debe marchar al Istmo. Ud. debe mandar un buque a Pisco con un oficial muy vivo para que haga embarcar a esta gente haciéndoles creer que van a Lima, para que no deserten. (...) El batallón Caracas debe quedar de 1,400 plazas, cuando menos, y en él deben embeberse todos los venezolanos y granadinos que tenga el Araure, pues yo quiero que éste no lleve sino peruanos y suranos.
El Libertador reinstauró el Tributo indígena[22] estableciendo su "reducción al monto que se pagaba en 1820", contribución que debían pagar los indígenas peruanos por el sólo hecho de ser indígenas. José de San Martín había abrogado esa contribuación en 1821 por lo que la norma no hizo sino reinstaurar un pago ya proscrito. Por otro lado, prohibió definitiva la mita[23] . Igualmente, modificó las reglas expedidas por San Martín que abolían la esclavitud. San Martín había declarado la libertad de todo hijo de esclavos que haciera luego de la declaración de la independencia y la libertad de todo esclavo que integrara el ejército patriota. Bolívar modificó las reglas señalando que sólo serían libres aquellos que integraran el ejército y que fueran heridos o inválidos y que se destacaran por su valor en el campo. El número de libertos fue mínimo. Mas bien, Bolívar emitió reglas para dignificar la situación de los esclavos señalando que el trabajo era de 8 a 6 de la tarde y que el castigo máximo era de 12 azotes.
En el ámbito de la organización del Estado, Bolívar reemplazo el 6 de marzo de 1824 la "Alta Cámara de Justicia" que había reemplazado, por órden de San Martín, a la Audiencia de Lima. Esta Cámara dio origen a la Corte Superior de Lima y, luego de la batalla de Ayacucho, dio lugar a la Corte Suprema de Justicia[24] . Bolívar nombro como presidente de ésta a Manuel Lorenzo de Vidaurre, quien dejó varios escritos altamante halagueños hacia el Libertador. Sin embargo, tal como pasó en el juicio que se llevó adelante por el asesinato de Bernardo de Monteagudo donde Bolívar interrogó directamente a los sospechosos y estableció sus condenas, el Libertador ejercía directa injerencia en la Corte Suprema. También creó la Corte Superior de Justicia de Trujillo[25] , la Corte Superior de Justicia de Arequipa[26] y la Corte Superior de Justicia del Cusco[27] .
Bolívar creó varios importantes colegios nacionales como el Colegio Nacional Nuestra Señora de Guadalupe en Lima, el Colegio Nacional de Ciencias[28] y el colegio Educandas[29] en el Cusco, instituciones que fueron conocidas como los colegios bolivarianos. Igualmente fundó el Diario Oficial El Peruano, gaceta oficial del Estado Peruano. Expidió la primera Ley de Imprenta que logró reprimir toda fuente escrita que lo desfavoreciera. El reglamento de esa ley condenaba a seis años de prisión a los autores de los escritos que el gobierno considerase como subversivos, y prohibía las sátiras contra disposiciones gubernamentales[30] .
Dentro de las finanzas peruanas, el gobierno de Bolívar realizó dos actos principales. En primer lugar, se establecieron las recompensas para el ejército unificado, cuyo pago estuvo a cargo del Estado Peruano hasta mediados del siglo XIX y se negoció un empréstito con Inglaterra del que sólo se recibió el 25% del capital y se tuvo que pagar el íntegro mas intereses. Bolívar recibió un país quebrado y su administración no mejoró ese punto.
Durante su gobierno se ejerció represión contra sus principales opositores. Así, se dispuso el destierro de Francisco Xavier de Luna Pizarro y de Mariano Necochea , el encarcelamiento del Almirante Martín George Guisse, los hermanos Ignacio y Francisco-Javier Mariátegui y varios militares chilenos y argentinos así y la ejecución de personajes como el ministro de Torre Tagle Martín Beringoaga. Adicionalmente se tendió un manto de suspicacia respecto del asesinato de Bernardo Monteagudo.
Si bien Bolívar había dispuesto la anexión de la provincia de Guayaquil a la Gran Colombia en 1822 (lo que inició la disputa territorial entre Perú y Ecuador), en 1825 dispuso la secesión del Alto Perú y la creación de la República Bolívar.